В соответствии с гл. 21 НК РФ некоммерческие организации являются плательщиками НДС независимо от того, осуществляют ли они предпринимательскую деятельность.
При этом целевые средства, полученные некоммерческой организацией, не являются объектом налогообложения, так как согласно пп. 3 п. 3 ст. 39 НК РФ не признается реализацией товаров, работ или услуг передача основных средств, нематериальных активов и (или) иного имущества некоммерческим организациям на осуществление основной уставной деятельности, не связанной с предпринимательской деятельностью.

Согласно ст. 146 НК РФ объектом налогообложения признаются следующие операции:

• реализация товаров (работ, услуг) на территории России, в том числе реализация предметов залога и передача товаров (результатов выполненных работ, оказание услуг) по соглашению о предоставлении отступного или новации, а также передача имущественных прав;
• передача на территории России товаров (выполнение работ, оказание услуг) для собственных нужд, расходы на которые не принимаются к вычету (в том числе через амортизационные отчисления) при исчислении налога на прибыль организаций;
• выполнение строительно-монтажных работ для собственного потребления;
• ввоз товаров на таможенную территорию Российской Федерации.

Следует отметить, что говорить об уставной деятельности некоммерческих организаций в целом как об операциях, освобождаемых от обложения НДС, нельзя.

Приведём некоторые примеры:
Приобретая за счет средств целевого финансирования имущество, предназначенное для осуществления уставной деятельности, некоммерческая организация получает первичные и расчётно-платёжные документы с выделенной в них отдельной строкой суммой НДС. Несмотря на то что сумма налога учитывается некоммерческой организацией в стоимости этого имущества, нельзя сказать, что операция приобретения имущества за счёт целевых средств освобождена от обложения НДС (ст. 149 НК РФ).

При осуществлении строительства собственными силами за счёт средств целевого финансирования у некоммерческой организации возникает объект обложения НДС согласно пп. 3 п. 1 ст. 146 НК РФ. Например, если садоводческое товарищество своими силами, без привлечения подрядной строительной организации, построит дорогу или сторожку, у неё возникнет объект обложения НДС.

В случае реализации некоммерческой организацией основных средств, нематериальных активов и иного имущества (полученного на осуществление основной уставной деятельности) сторонним организациям, индивидуальным предпринимателям или физическим лицам налог исчисляется и уплачивается этой некоммерческой организацией в общеустановленном порядке.

Таким образом, операции, осуществляемые в рамках уставной деятельности некоммерческой организации, облагаются НДС в общем порядке.

Общий срок уплаты налога в бюджет установлен не позднее 20-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом (п. 1 ст. 174 НК РФ). Налоговая декларация подается в тот же срок, который установлен для уплаты налога, то есть не позднее 20-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом (п. 5 ст. 174 НК РФ).

Форма налоговой декларации по НДС утверждена Приказом Минфина России от 7 ноября 2006 г. N 136н "Об утверждении формы налоговой декларации по налогу на добавленную стоимость и порядка её заполнения". Данная форма действует с 1 января 2007 г.
Периодичность представления в налоговые органы налоговой декларации по НДС зависит от выручки, полученной налогоплательщиком за отчётный месяц.

Согласно п. 6 ст. 174 НК РФ налогоплательщики с ежемесячными в течение квартала суммами выручки от реализации товаров (работ, услуг) без учёта налога, не превышающими 2 млн руб., вправе уплачивать налог, исходя из фактической реализации (передачи) товаров (выполнения, в том числе для собственных нужд, работ, оказания, в том числе для собственных нужд, услуг) за истекший квартал - не позднее 20-го числа месяца, следующего за истекшим кварталом. Налогоплательщики, уплачивающие налог ежеквартально, представляют налоговую декларацию в срок не позднее 20-го числа месяца, следующего за истекшим кварталом.
При отсутствии операций, облагаемых НДС, и операций, освобождённых от налогообложения, налогоплательщики представляют налоговую декларацию по НДС в налоговые органы по месту учёта за налоговый период, установленный п. 2 ст. 163 НК РФ.

В соответствии с п. 2 ст. 163 НК РФ для налогоплательщиков (налоговых агентов) с ежемесячными в течение квартала суммами выручки от реализации товаров (работ, услуг) без учёта налога, не превышающими 2 млн руб., налоговый период устанавливается как квартал.
Указанные налогоплательщики представляют в налоговый орган титульный лист, разд. 1.1 и 2.1 декларации. При заполнении строк и граф разд. 1.1 и 2.1 декларации ставятся прочерки.

Таким образом, налоговую декларацию по НДС необходимо ежеквартально представлять в налоговый орган даже в том случае, если в истекшем налоговом периоде у налогоплательщика отсутствовали объекты налогообложения.

Следовательно, указанные разделы формы декларации по НДС представляются налогоплательщиками (в том числе и некоммерческими организациями), не ведущими финансово-хозяйственной деятельности, один раз в квартал (четыре раза в год).

Некоммерческие организации (в том числе садоводческие некоммерческие товарищества), у которых возникают обязательства по уплате налога, представляют налоговую декларацию в налоговый орган по месту учёта по итогам отчётного (налогового) периода.

Садоводческое товарищество может выступать в роли налогового агента по уплате НДС в случаях, определённых законодательством (ст. 161 НК РФ). Например, если садоводческим товариществом арендуется помещение, находящееся в федеральной собственности. В соответствии с п. 3 ст. 161 НК РФ при заключении договора аренды имущества, находящегося в государственной или муниципальной собственности, организация-арендатор признается налоговым агентом, который должен исчислить, удержать из доходов, выплачиваемых арендодателю, НДС и уплатить его в бюджет.

Если у налогового агента собственная ежемесячная выручка от реализации товаров (работ, услуг) составляет в течение квартала до 2 млн руб. включительно, то налоговым периодом для него является квартал. Соответственно, налоговый агент должен перечислять НДС в бюджет не позднее 20-го числа месяца, следующего за отчетным кварталом, и в этот же срок представлять декларацию по НДС.
Возможность исполнить функцию налогового агента у арендатора появляется только по факту перечисления денежных средств арендодателю.
Так как налоговые агенты обязаны исчислить, удержать из доходов, выплачиваемых арендодателю, сумму НДС, такая обязанность возникает у них в момент перечисления денежных средств арендодателю.

Налоговый агент определяет налоговую базу как сумму арендной платы с учетом налога.
Если услуги по аренде имущества оказаны арендатору, но арендная плата арендодателю в соответствии с договором не уплачена, налоговые обязательства по НДС не возникают. Фактическое потребление услуг арендатором не влечет с его стороны обязанности по уплате НДС за арендодателя. Кроме того, выделенная сумма НДС, относящаяся к услугам аренды, не включается в налоговые вычеты до момента фактического удержания суммы этого налога за счет средств, подлежащих перечислению арендодателю.

Исполнение обязанностей налоговым агентом зависит также от условий договора аренды. Многие арендодатели предусматривают порядок расчетов между сторонами таким образом, что арендная плата перечисляется авансовым платежом, например ежеквартально в срок не позднее 10-го числа первого месяца квартала. В этом случае арендатор, перечисляя сумму арендной платы, обязан удержать сумму НДС со всей суммы, выплачиваемой арендодателю.